01 Mar

La recherche de documentation médicale 2/2

Publié par francois delcourt - Catégories : #recherche et développement

LES ANNUAIRES

PubMed

La page PubMed offre une fenêtre d’indexation classique pour le descripteur. Un menu déroulant est placé avant pour sélectionner une base de donnée spécifique. A partir de « lymphoma » comme descripteur :

Sélectionner MeSH dans le menu, puis taper « lymphoma » dans la fenêtre puis « search » ;
Plusieurs descripteurs et leur définition apparaissent, qu’il est possible de sélectionner. Prendre le premier ;
Dans le bandeau vertical de droite, un module de recherche appelé « PubMed search builder » est présent. cliquer sur « add to search builder » ;
En revenant sur la fenêtre – toujours en MeSH – et en tapant « etiology » dans les sélections offertes – subheadhing ;
Puis cliquer « add to search builder » et sélectionner l’opérateur booléen voulu, par exemple AND ;
Cliquer sur « search pubmed ».

L’équation de recherche est : « lymphoma » [mesh] AND « etiology » [subheadhings]. Elle donne 79287 résultats ! (En février 2016). Chaque article comporte :

Un titre cliquable pour son accès ;
Les noms des auteurs ;
Le titre du périodique ;
L’année de publication, le mois ;
Le volume, l’issue, les pages ;
Des précisions sur la présence de l’abstract et la langue de l’article.

Dans le bandeau latéral vertical de droite, un filtre donne les résultats concernant :

Les articles à accès libre et gratuit (free full text);
Les « review ». Ce filtre indexe les articles de revues de littératures ayant déjà fait le tour de la question ;
En dessous une sélection des articles ayants les termes dans le titre ;
Un module « search details » qui présente les détails de l’équation de recherche ;
En cas de silence, ce module permet de voir quel est le terme de l’équation qui n’est pas reconnu ;
En fin de page l’historique de la recherche.

Une autre façon de faire en partant de la page MeSH « lymphoma »

Cliquer sur le premier lien « lymphoma ». une page avec les « subheadhings » affiliables et, en fin de page l’arborescence du thesaurus anglais apparaissent.
Cliquer sur « add to search builder » ainsi que l’opérateur booléen désiré. La requête apparaît.
Cliquer sur « search pubmed ».

L’équation de recherche est : « lymphoma/etiology » [mesh]. Elle donne 60254 résultats, (en février 2016). Finalement énormément moins !

La différence vient du fait que l’affiliation directe crée une intersection plus pertinente dans les résultats.

Près de 80 mille articles, voire même que 60 mille, ça fait beaucoup. Il est donc important de restreindre la sélection à l’aide de la fonction « limits »

La fonction « limits »

Dans la bandeau latéral droit :

sélectionner une limite de temps – de 30 à 180 jours, de 1 à 10 ans, ou une date, un intervalle de temps précis. Sélectionner 5 ans ;
Pour sélectionner le type d’article(s), cliquer sur « review » ;
La requête porte sur l’humain, ce qui évitera la sélection des études chez l’animal ;
Préciser la sélection dans une base de données spécifique du cancer, cliquer dans « subsets » « cancer » ;
En première recherche, sélectionner les articles en français ;
Sélectionner chez l’adulte majeur de + de 19 ans.

5 articles sont à votre disposition. En regardant sur le lien « search details », on remarque que l’équation de recherche commence à se compliquer.

"lymphoma/etiology"[Mesh Terms] AND (Review[ptyp] AND "2011/03/03"[PDat] : "2016/02/29"[PDat] AND "humans"[MeSH Terms] AND French[lang] AND cancer[sb] AND "adult"[MeSH Terms])

Sélectionner un article – si possible « free » - amenant sur une page avec son abstract. Un menu cliquable, « MeSH term » amène à tous les mots clés utilisés ou indexés, en dessous se trouvent d’autres ressources.

Dans le bandeau latéral de droite, en cliquant sur le logo du périodique ou de l’éditeur – en haut -, amène à la page de l’article, téléchargeable dans le format désiré – pdf ou html, ficher text, en dessous, les articles en relation avec la recherche demandée.

Les articles, pour la plupart, ne sont pas « free » mais bien payant ! – il faut compter environ 30 dollars par article –. L’astuce consiste à s’inscrire à une bibliothèque universitaire de médecine pour bénéficier de leurs abonnements à des périodiques. L’accès à celles-ci est possible soit avec une carte d’étudiant ou une carte de professionnel de santé. Se renseigner auprès des documentalistes de ces universités directement. Ils seront également de bon conseil dans vos recherches.

Les équations de recherche

Une équation de recherche organise les termes de la requête. Cette organisation doit être correcte entre les différents termes utilisés selon certaines règles associatives et sémantiques.

Les termes unis avec OR doivent être mis entre parenthèse et placés en premier.
Les termes que l’on intersecte avec AND sont placés en deuxième position sans parenthèses
Les termes exclus avec NOT sont placés en dernier sans parenthèses

NB : attention ! AND OR et NOT doivent être écrits toujours en majuscules.

Voici quelques exemples :

(lymphoma/etiology [mesh] OR lymphoma, Non-hodgkin [mesh]) AND french [la] AND review [pt] NOT lymphoma, T-Cell [mesh]

Recherche des articles publiés en langue française sur l’étiologie du lymphome et des lymphomes non-hodgkiniens dans des revues de littérature à l’exclusion des lymphomes T.

Lymphoma/epidemiology [mesh :noexp] OR lymphoma/etiology [mesh :noexp] OR lymphoma/physiopathology [mesh :noexp] NOT lymphoma B-Cell [mesh :noexp]

Recherche des publications sur l’épidémiologie et/ou l’étiologie et/ou la physiopathologie des lymphomes de manière restrictive à l’exclusion des lymphomes B.

(french [la] OR english [la]) AND lymphoma/surgery [mesh] AND review [pt]

Recherche des revues publiées en français et/ou anglais sur la chirurgie des lymphomes.

La fonction « Clinical Queries »

C’est une fonction qui permet de filtrer la recherche, ce filtre étant « Evidence Based Medicine» EBM. Le critère EBM utilise les meilleures données actuelles de la recherche clinique fondées sur des preuves. L’objectif est de revoir ce que la littérature apporte dans un cas similaire et de s’en inspirer pour définir une conduite à tenir par exemple.

Une étude clinique sur une pathologie et un traitement associé par exemple, va être spécifique si la pathologie est rare, ou si l’on décide d’en étudier certaines de ces caractéristiques précises. Dans ce cas le groupe de patient inclus est très sélectif. On ne prend pas tout le monde mais un échantillon très précis correspondant aux critères définis. En général une telle étude est moins puissante due à un échantillon peu nombreux. La parade est de faire une étude multicentrique. On parle de filtre « étroit » ou « spécifique ».

Dans un cas d’étude plus générale sur une pathologie, avec des critères moins sélectifs, la puissance de l’étude est augmentée car les échantillons vont être plus importants et plus larges. On parle justement de filtre « large » ou « sensible ».

Dans une telle fonction, il est possible de sélectionner la nature du filtre :

Diagnosis
Etiology
Prognosis
Therapy

Et sa qualité :

Sensitivity
Specificity

A partir de la page d’accueil de PubMed, dans l’onglet « PubMed tool », cliquer sur « Clinical Queries »

L’équation de recherche est : lymphoma [mesh] AND magnetic resonance imaging [mesh]

Recherche des publications sur l’intérêt diagnostique de l’imagerie RMN dans les lymphomes (filtre « sensibilité » ou « specificity »)

sélectionner « diagnosis » puis « narrow » - étroit –

sélectionner « diagnosis » puis « broad » - large –

Une sélection d’articles d’études cliniques est proposée, une autre sélection avec des revues de littérature, etc.

Articles très récents

Les articles les plus récents ne sont pas forcements indexés dans la base medline. La raison est simple, le délai entre le rendu de l’article et sa publication peut atteindre quelques mois.

Il faut écrire une équation de recherche qui aille les rechercher, Par exemple :

lymphoma/surgery [mesh] donne 5571 résultats (en février 2016), le plus récent est de sept 2015.

Lymphoma [tiab] AND surgery [tiab] NOT MEDLINE [sb] donne 422 résultats non indexés pour l’instant dans la base de données mais présents dans le titre et dans l’abstract. Les termes utilisés sont comptabilisés en langage courant. Le plus récent date de Février 2016.

En associant les deux – avec OR – on obtient tous les articles récemment indexés en plus !

lymphoma/surgery [mesh] OR (Lymphoma [tiab] AND surgery [tiab] NOT MEDLINE [sb]). On obtient 5993 références, la somme des deux !

Ce n’est pas tout. Il peut exister des articles non indexés dans les circuits de diffusion conventionnels. On parle de « littérature grise ».

Néanmoins fier de la réussite dans la recherche des pépites dans cette mine d’or. Il faut les retrouver et les conserver. Plusieurs moyens permettent de sauvegarder ses résultats.

Sauvegarder ses résultats

Le moyen le plus simple est d’enregistrer le fichier lorsque cela est possible. Bien souvent le partage est l’unique opportunité. Ceci correspond au fait d’externaliser le document. Il n’est pas en votre possession mais vous pouvez y avoir accès moyennant une connexion internet.

La fonction « clipboard »

Après avoir sélectionné les documents de la requête, vous pouvez utiliser la fonction « clipboard » comme suit.

Cliquer sur le carré de sélection des documents voulus ;
En haut de page, cliquer sur le menu déroulant « send to » et « clipboard » ;
Il est possible de faire un envoi sur une boite mail ;
Les documents choisis sont conservés ;
Un logo « clipboard » apparaît en haut de page à droite avec le nombre d’items sélectionnés ;
En cliquant sur « items » une page correspondante à vos choix se présente ;
Il est possible, bien sûr, de modifier l’ensemble ou une partie de ces choix.

L’inconvénient de cette fonction est de ne pas conserver vos documents de manière définitive.

Créer une bibliographie

Cet outil nécessite un enregistrement préalable. Sur la page des documents sélectionnés, en haut de page, complètement à droite, il y a un logo my NCBI.

Cliquer et s’enregistrer ;
Plusieurs fenêtres apparaissent sur la page ;
Une fenêtre d’indexation de recherche, « search » de votre propre base de données ;
Une fenêtre « my bibliography » ;
Une fenêtre « saved search », importante concernant la veille bibliographique ;
Une fenêtre « collections » permettant de créer des dossiers bibliographiques afin d’organiser les documents lors de recherches multiples.

Exporter vos résultats

Sélectionner les documents à conserver et cliquer « send to » et « my bibliography » ou « collection » pour un archivage sur un autre dossier.

Cette bibliographie ainsi que les collection sont exportables en fichier pdf.

D’autres outils, non spécifiques à pubmed sont exploitables, notamment Zotero. C’est une extension, utilisable sous Firefox uniquement, permettant de générer une bibliographie. Il est possible d’importer des références, de les organiser, d’archiver des fichiers pdf ou html attachés aux références mais aussi d’exporter une bibliographie dans un logiciel de traitement de texte.

Retrouver un article

La fonction « single citation matcher »

Retrouver un article, ou son abstract généralement, sans avoir à refaire une recherche complète est facilité. Chaque article est référencé par plusieurs éléments :

Le titre de l’article ;

Les noms des auteurs ;
Le titre du périodique ;
L’année de publication, le mois ;
Le volume, l’issue, les pages ;
Un numéro PMID - identifiant pubmed, comme un ISBN pour un ouvrage – comme référent unique de l’article.

Cliquer sur le lien de la fonction « single citation matcher » à partir de la page d’accueil. Toutes les fenêtres ne doivent pas obligatoirement être remplies.

A partir des termes indexés, plusieurs choix sont proposés ;
Renseigner les différentes fenêtres, au plus rapide, en fonction des éléments connus ;
Attention au nom d’auteurs pour les homonymes, respecter les initiales des prénoms ;
Cliquer sur « Go ».

Par exemple :

Pearce CJ, Lutz MJ, Mitchell A, Calder JD. Treatment of a distal tibial osteochondral lesion with a synthetic osteochondral plug: a case report. Foot Ankle Int. 2009 Sep; 30 (9) :900-3. PubMed PMID:19755077

Il suffit de renseigner le journal : Foot et ankle, la date : 2009, le volume : 30, l’issue : 9, l’auteur : pearce CJ, et le tour est joué.

Mieux ! Un Copier-coller le numéro PMID dans la fenêtre de la page d’accueil, permet d’obtenir la référence.

La veille bibliographique

Il est également possible de faire une veille bibliographique, c’est à dire activer une fonction qui permet d’être tenu au courant des nouvelles publications concernant la recherche.

Dans pubmed

A partir de cette équation de recherche :

(french [la] OR english [la]) AND lymphoma/surgery [mh] AND review [pt]

On obtient 464 ressources (en février 2016). Il est possible, dans un but pratique et de façon à être informé au plus vite, par mail, des nouvelles publications concernant la recherche, d’activer une veille bibliographique.

En haut de votre page de résultats, sous l’équation, il existe un lien « create alert ».
Cliquer dessus. Une page demande de confirmer l’équation. « yes »
Indiquer une adresse mail
Préciser l’échéance désirée (mensuelle, hebdomadaire, quotidienne)
Idem pour les formats et le nombre d’occurrences
Cliquer « save »

Les autres espaces de recherche

La « littérature grise »

Elle représente une source énorme de documentation : Production non indexée dans les catalogues officiels d’édition et dans les circuits conventionnels de diffusion de l’information : résumés pour les congrès, documents gouvernementaux, études non publiées, rapports et autres documents non conventionnels .

Cette recherche peut se faire de plusieurs façons :

Par internet, dans un recherche « à la Google »
Par un contact direct auprès d’organismes de recherche, de sociétés savantes ou d’organismes d’évaluation privés ou publics, par exemple l’INVS
Par la consultation de bases de données de « littérature grise » directement

Les banques de données de littérature grise

La Banque de Données de santé publique (BDSP) délivrant de la documentation scientifique, technique et économique
Le SIGLE (system for information on grey literature in Europe) délivrant une documentation pluridisciplinaire scientifique, économique, des sciences sociales.
HealthSTAR apporte de la documentation émanant de publication de congrès, de rapports scientifiques, de documents gouvernementaux, etc. Ce site donne accès à d’autres bases de données comme le HSRProj délivrant des informations sur les projets de recherche fédéraux en cours.

Les portails universitaires sont aussi très riches. Les plus courus sont ceux émanant des bibliothèques inter universitaires. Personnellement j’ai un faible pour celui de la BIUM – bibliothèque inter universitaire de médecine paris V -

Sur la page d’accueil, dans la rubrique « médecine-odontologie », il existe plusieurs fenêtres :

Des ressources électroniques à accès libre, auxquelles il est possible de converger en cliquant sur des liens :

De bases de données comme google scholar, pubmed, cochrane, ref’doc ;
Dirigeant vers d’autres bases de données ;
Donnant accès à des dictionnaires et encyclopédies ;
Ou de banques d’images ;
Etc.

Des ressources à accès réservé soumises à des abonnements.

Celles ci sont accessibles lorsque vous êtes inscrit à la bibliothèque, sur place. La bibliothèque possède un registre de 4000 références environ. La consultation externe, de chez soi, est possible mais payante et donne accès à environ 1000 références.

Ces ressources de périodiques sont consultables dans le catalogue général. A partir de ce dernier la consultation de thèses est possible.

D’autres catalogues comme le SUDOC (service universitaire de documentation) sont consultables, pratiques pour rechercher des thèses, des ouvrages et surtout les localiser par bibliothèque universitaire. Les prêts inter bibliothèques de documents papiers sont possibles sur demande.

Les revues, les journaux en ligne :

Jim.fr

Univadis

Egora

Les sites de spécialités :

Dental espace

Pediadol

Maitrise orthopédique

Orphanet, pour les maladies orphelines

Les sites institutionnels :

National cancer institute

OMS